日本农业圣地、苹果产量占全日本半数的青森县岩木山山脚下，有位三十出头的果农叫木村，一次看了一本叫《自然农法》的书后受到启发，于是想种出不施农药、肥料的苹果。
但让木村没有想到的是，由于不使用农药，危害苹果树的害虫不计其数，果树上满是各种蛾的幼虫。因此，木村带着全家人除了辛辛苦苦治理果园的土地，不让一根杂草生长，避免招惹昆虫和小动物捣乱外，还没日没夜地在不开花、不结果的果园里，用双手和塑料袋抓害虫、喷洒醋液……但害虫总是抓不完，似乎越抓越多，以至于果树惨不忍睹，枯萎的苹果叶不断掉落，苹果树不开花，就更不结果了，收成等于零，而且情况一年比一年糟糕。
苹果园的惨状令木村一家七口生活穷困，父母也与木村断绝关系。为养活家人，没有米吃时，木村拿东西去典当；没有钱用时，他去工地、酒店做别人认为低三下四的工作。而且因为害虫数量多得惊人，简直变成了昆虫的天堂，影响了别人的果树生长，引起邻人极大不满。然而，木村却傻傻地一直坚持着，不断地思考着解决的方法，常常站在苹果树旁静默地看着，有时甚至对苹果树说：“对不起，我让你们受苦了，你们不用开花，也不用结果，只求求你们不要枯掉。”但果树依然越来越虚弱。
终于有一天，木村绝望了，他跑到山上，想轻生。就在那一刻，他看到眼下野生的橡树，活得极为健康。木村心生好奇，仔细观察，发现橡树周围杂草丛生，树下的泥土非常松软，散发出浓浓的泥土气息。木村顿悟：自己过去一直只专注控制苹果树的生长，把视线只集中在苹果树上，却忽略了脚下的泥土、周围的昆虫和小动物，看不到大自然的整个生态系统！“我找到答案了！”木村兴奋地跑下山去。
木村放弃了轻生的念头，改变了原来的做法，开始了新的尝试——不再像以前那样下功夫维持整洁的苹果园，而是种植杂草，一方面让泥土变得肥沃，另一方面吸引小昆虫、小动物进入他的果园，让植物和动物去建立它们的生态系统。此外，木村还在果园里大量种大豆，大豆根部密密麻麻的根瘤菌增加土壤里氮的含量。
终于，又过了三年，也就是所有果园停止使用农药的第八年春天，果园里开出七朵苹果花，其中有两朵结了果。那两颗苹果是那一年的全部收成，木村把苹果放在佛堂祭拜后，全家人一起分享。那两颗苹果（ ）吃得令人惊讶，木村看到苦尽之后的曙光。
相隔九年之后，木村的苹果园再度开满了白色的苹果花。到了第十一年，木村的苹果园获得了大丰收。木村苹果也成了当地最好的苹果品牌，非常畅销，这让当地果农非常惊讶，自愧不如。
木村在种出不依赖农药和肥料的苹果后，越来越多的人听到他的故事，想尝尝“好吃到令人惊讶的滋味，哪怕只有一次都行”的人有增无减。东方一家高档的法国餐厅里总是人满为患，要预约用餐起码得等半年。这里的招牌菜就是“木村的苹果汤”。主厨介绍说：“这种苹果居然不会烂，可能是汇聚了生产者的灵魂。”因为通常，一般的苹果切开后放置一会儿，很快就会变成咖啡色，然后开始腐烂。
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